Shrek et Fiona doivent désormais assumer leur rôle de couple souverain du royaume de Fort Fort Lointain. Mais ne désirant qu'une seule chose : regagner le marais, le roi leur donne alors la possibilité de s'extraire de cette obligation s'ils parviennent à trouver l'héritier du trône. Shrek, Donkey et le Chat Potté partent donc à travers le royaume à la recherche de Artie, qui n'est autre que le jeune et rebelle roi Arthur, le neveu de la Reine Lilian qui est sur le point d'obtenir son diplôme de fin d'études. Sur le chemin du retour, Shrek inventera la chevalerie de la Table Ronde et Donkey deviendra la Dame du Lac qui remet l'épée Excalibur au jeune roi. Pendant ce temps au château, le Prince Charmant décide de s'emparer du pouvoir par un coup d'état. Fiona organise alors la résistance en attendant le retour de Shrek, Donkey, du Chat Potté et du jeune roi Arthur.